僕は理由はないと思います。単にJIS規格でそう決めただけだと思います。電気の周波数が東日本50、西日本60になった理由を求めるようなもの、どっちが優秀かなんて理由はない、最初に買った発電機が東日本は50で西日本は60だった、それだけです。
BBはイタリアでは正ねじです。フランスも正ねじ、ペダルは全部逆ねじ、ペダルについては共通なので理由があると思います。しかしBBについてはベアリングが逆に回るから逆の逆で正ねじだとゆるむとかもっともらしい解説をする人もいますが、僕は理由はないと思います、イタリアンは正ねじです。僕も実際に使ってて、逆ねじでも正ねじでもゆるんだことはないです。
もしどちらかが優秀なら、どっちかに統一するはずです。規格が並列して、そのままだというようなものは優劣がなく理由もないので、そのままなのだと思います。
ただ整備的にはとても困ります。最近輸入されている中国製自転車はイタリアンとJISが混ざっていて、逆ねじだと思って回すと締まります。日本製の自転車だけを整備するならBBは逆ねじと覚えておけば正解だったのですが、中国はヨーロッパにも輸出していて、それが日本でも売られています。だからちょっと回して、あれ?硬いなあと思ったら、正ねじか?と逆に回してみます。がむしゃらにやるとBB壊れるのでおそるおそる実験。
まだ少数ですが、正ねじイタリアン規格のママチャリを整備したことがあります。
逆ねじはペダル、BB以外にもあります。固定ギアの後ろの押さえねじです。一般の人はあんまり知らないですがピストやってる人なら誰でも知っています。これなどは逆ねじになっていなければギアが外れるので、正当な理由のある逆ねじです。
ピストの場合、ギアに最もストレスがかかるのは停止の時です。固定ギアは停止すると急ブレーキがかかります。このブレーキングの力が全部後ろの固定ギアにかかり進行方向と逆に働きます、だからギアを逆ねじで押さえてなければ簡単に固定ギアがゆるみます。
僕が回答できるのは以上です。もっときちんとした回答ができる人は、どんどん書き込みお願いします。僕は個人的にはイタリアンの方が優秀ではないかと思っています。ノーマルと逆の結果が同じなら、ノーマルのままでいいでしょう、だから今後はJISは駆逐されて正ねじイタリアン規格自転車が世界を制覇していくのではと予想します。中国が正ねじを採用すればJISは終わり。シマノも68mm正ねじBB出すしかないでしょう。