1991年に内戦終結宣言後、内戦中に独立したカタルーニャやガリシアなど小国群との交渉を行い、同君連合下である程度の自治を認める形で帝国へと統合しスペイン統一を実現した。帝国はアンダルシアやエレクシアなどの皇帝直轄領、カタルーニャやガリシアなどの王国、多数の自治領から構成される、さながら連邦のような体制を取った(1991年体制)。統一政府である帝国宰相府大宰相にはアグスティン・パドロンが任命され、帝国憲法の草案作成や法整備を進めた。諸国は軍を持つことが許可されているものの、あくまで小規模に収め自国領内の防衛に留めるものとし帝国全体の防衛は新たに設置された帝国軍に一任された。連邦内戦時の問題の解決を進めるべく宰相府に復興省と移民省を設置し、内戦期に帝国領に住み着いた移民(旧連邦移民)への補償や公民権の付与を行った。旧連邦移民の数は約200万に及ぶとされ、連邦内戦を引き起こした当事者として迫害の対象になることも少なくなく待遇や境遇に不満を持った人々が過激化しテロを起こすなど帝国の悩みの種となる。
翌年に隣国のポルトガルを協定の下で帝国との同君連合を結成しポルトフィーノ王国となりイベリア統一を達成した。
故郷を持たない旧連邦移民は、迫害や嫌悪の対象となることが多く規制の緩く比較的文化の受容に寛容なポルトフィーノやナバラ連合自治領(ナバラ、バスク地域の連合体)へと流れた。特に連合自治領で盛んな自動車産業や漁業では安い労働力として雇用されていった。連合自治領では経済格差が広がり、比較的豊かであるナバラ系へバスク系と旧連邦移民などが不満を持つようになった。1995年にGMCの自動車部品工場にて旧連邦移民の従業員が賃金の引き上げを求めてストライキを起こすと、ストライキ運動は連合自治領へと広がった。企業側は保障拡充などで対応を図るも労働者側は認めずこれまでの不満を暴発させ主張が過激化した。やがて連合自治領解消を求める運動と旧連邦移民の権利向上、独立運動が並行して起こるようになり各地で暴動が発生した。この混乱に乗じる形で反政府勢力FLLEがゲルニカの地下鉄を占拠し、ナバラ系の乗客を虐殺した(1996ゲルニカ地下鉄テロ)。一部の移民やバスク系がFLLEのテロを支持し各地で蜂起、非常事態宣言を発布した連合自治政府の軍や警察の動きを撹乱して対応を遅らせた。結果的に戦火は連合自治政府全土へと広がり紛争へと発展した(ナバラ紛争)。