お疲れ様です。公式がここにコメントで警告しに来るんですね。処理時間の警告はecacheを使用すれば負荷が抑えられそうですが、公式としてはinclude系はecacheで制限を緩和させるようにしているだけ。編集画面のプラグイン一覧にもおいてないし、公式からの使用法の説明が不足していると思いました。なのでecacheでページ全体を覆うような使われ方は期待していないんですかね。include系や重いプラグインを多用するページのみ気をつければいいかもしれません。ecacheを使用すれば簡単に対処できるので直接警告を受けたら修正すればいいかもしれません。
HTML量の警告を無くすには分割するか内容を切り詰めるしかない気がします。ページ分割できそうなら分割するのがいいと思いますが、それが難しいページは・・・これも直接警告を受けたら修正するくらいでいいのかもしれないです。
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