ナヒーダの時もそうだけど世界樹の改変をしても既に起きた事象は変えられない(魔鱗病や死域の存在自体は無かったことにはなっていない)んで、博士がたたら砂で人の命を奪いながら稲妻を混乱させるのは確定事項だし、魔神任務で語られた様に博士に操られた人間が変わっただけ。
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ナヒーダの時もそうだけど世界樹の改変をしても既に起きた事象は変えられない(魔鱗病や死域の存在自体は無かったことにはなっていない)んで、博士がたたら砂で人の命を奪いながら稲妻を混乱させるのは確定事項だし、魔神任務で語られた様に博士に操られた人間が変わっただけ。