＜Infinite Dendrogram＞ Wiki

システムにとっては透明

<エンブリオ>がなした功績でも就職条件が満たされることがある以上完全に透明ではないと思います(例：【バルドル】の広域破壊によりオブジェクトへの与ダメージ量を満たした【破壊王】)

ものが破壊されると使えなくなるスキルは果たして対象が保有しているスキルに入るのか

これに関しては、例えば尻尾を切り落とされたモンスターが尻尾に由来するスキルを使用できなくなるようなものと思います。

判定が違う理由が気になる

例えば、ヌンの《シェイプシフト》は"他人"に変形する能力ですが<エンブリオ>も(実体のあるものだけですが)再現可能です。
《偽装の花嫁(アマノジャク)》に至っては対象とした"人間"のステとスキルをコピーするスキルですがこれには<エンブリオ>のスキルも含まれますし、コピーが劣化する条件も合計レベルのみでエンブリオの到達形態に関しては言及がありません。
<エンブリオ>は千差万別なので別の判定基準でもおかしくないと思います。

【ロバート・バーガー】としては”対象の保有するすべてのスキル”とは対象の<エンブリオ>のスキルも含むものだと判定しスキルを改竄しています。