結論から言うとシーカーを冷やすための装置がランチャーに付いているからです。そもそもの話、赤外線ミサイルのシーカーが敵をロックオンするためにはシーカー自体をマイナス100℃〜200℃という超低温まで冷やす必要があるのですが、そのための冷却機構をミサイルに付けるとなるとコストがかさむ上重量増加によってミサイルの性能低下を招きます。そのためランチャーという形で機体側に肩代わりさせなければいけないのです。
レーダーミサイルはランチャーが絶対必要というわけでは無いです。実際F-4やF-14は機体に半分埋め込んでますし。ただ埋め込み式は機体の形状に制限がかかりますし、ミサイル側の取り付け部分を赤外線ミサイルのと共通化することで搭載箇所を増やせたり、搭載のための作業が減るというメリットがあります。
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IRミサイルの場合はシーカー視野の都合上、すぐ上に機体があると上方向が見えなくなってロック不可になってしまうため、下に降ろすか翼の前に出したいという都合もある