どの武器を使うかという以前に、サブを使うという意識が足りていないのではないでしょうか。
ロボムは誘導性能があるので敵がよくいる位置に投げ込むだけでそれなりに邪魔になりますし、潜伏場所に向かう前に行く先とは別の方向に投げ込んでみるとかしてみてもいいと思います。
ビーコンは近くにいる敵が表示されるので味方にも恩恵があります。うまく使えないというより単に「置いていない」だけだったりしませんか?
潜伏主体で戦うなら潜伏中にインクも回復できるでしょうし、いろいろ試してみるとよいと思います。あとここはwikiなのでサブウェポンの運用方法も載ってますよ。
サブがうまく使えていない状況で「どっちがいい」かを決めるのは早計な気がします。
マルミサが狩られるのは敵に見えているところで撃っているからではないかと思います。マルミサ発射中の敵ってがら空きなので狩りやすいです。敵がいないところや物陰へ移動して撃つようにしてみたらどうでしょうか。
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