個人的には組織構造を見出しで表現すること自体、こだわらなくても良いのではないかと思います。多階層の組織の設定などが出てきた場合には限界がありますし。
例えば、全体的な組織構造は防衛軍全体の説明部分にツリー形式で記述して折りたたんでおいて、各組織については書くべき人物のいる組織だけ同じレベルの見出しで書く感じですかね……。下部組織については例えばオボルス小隊なら見出しの下に「オブシディアン大隊に属する小隊。」などと説明を書いて、あとは見出しごとの並び順などに気を付けておけば意味不明にはならないかな、と思います。
(私自身は防衛軍の話が出てくるところまでたどり着いていないのでトンチンカンなことを言っていたら申し訳ないですが)
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なるほど確かに。ありがとうございます!