戦闘パートでは、ＰＬ（ＰＣ）がＧＭ（シナリオのボス）とＭｔＧで真剣勝負します。
「ＭｔＧでｔｒｐｇ～パーティズ・オブ・プレインズウォーカーズ～」はＭｔＧのハウスルールです。
そのため通常のｔｒｐｇと違い、ＧＭも、本気で勝ちに来ます。
また、通常のＭｔＧと異なる点として、冒険パートで3つの目標を達成できたか否かによって、ＰＣが有利になったり不利になったりします。
具体的には、以下のような手順で進めます。
戦闘パート－１ アイサツのロールプレイ
ＧＭとＰＬが、お互いにアイサツした後、キャラクターとして宣戦布告の短いロールプレイをします。
アイサツの例。
「ドーモ、（ＰＣ名）＝サン、（ボスの名前）です。
よろしくおねがいします。
俺の計画を、かぎ回っていたのはお前か」
「ドーモ、（ボス名）＝サン、（ＰＣ名）です。
よろしくおねがいします。
その通り。お前の悪事は、俺が阻止してやる！」
このアイサツには「ストーリーと、ＭｔＧ対戦の区切りをつける」という意味があります。
ゲーム開始のアイサツをしてからゲーム終了のアイサツをするまでの間は、ＧＭとＰＬであると同時に、ＭｔＧの対戦相手同士です。
共に、全力で、真剣にＭｔＧ対戦を楽しみましょう！
ストーリーの流れを引きずって、感情的にならないよう気を付けましょう。
戦闘パート－２ ペナルティとボーナスを決める
今回の戦闘パート（ボス戦）につくボーナスとペナルティを決めます。
まず、冒険パートの３つの目標が、達成されたかどうかをチェック。
３つの目標が達成できたか否かによって、以下のボーナス、ペナルティがつきます。
先攻・後攻目標
大成功：ＰＬ側が、先攻、後攻を決める。
成功 ：先攻、後攻を無作為に決める。
失敗 ：ＧＭが、先攻、後攻を決める。
ボス情報目標
大成功：1戦目前に、ボスのデッキリストを見た上でサイドボード使用可。
成功 ：1戦目前に、ボスのデッキリストを見ることができる。
失敗 ：ボスのデッキリストを見ることは出来ない。
マリガン目標
大成功：1回目のマリガンでは、手札が減らない。
成功 ：通常通りマリガンできる。
失敗 ：必ず1回マリガンをしなければならない。
冒険パート中、敗北したＰＣへのペナルティ
３つの目標による、ボーナス・ペナルティを確定した後は、直近の冒険パート中に、１回でも敗北条件を満たしたＰＣがいるかどうかを確認します。
１回でも敗北条件を満たしたＰＣがいる場合、ペナルティが課されます。
ペナルティ内容は、以下の内のいずれかで、シナリオごとに決まっています。
1.敗北条件を満たしたＰＣは、2回目の、自分（敗北条件を満たしたＰＣ）のターンが始まるまで、土地を出せず、呪文を唱えられず、能力を起動できない。
2.ボス戦が、2本先取の3本勝負の場合、ボス側が1本取った状態でボス戦を始める。
ＰＣの人数による、ボス側へのボーナス
ＰＣの人数が、ボス側より１人以上多い場合、ボスは、試合開始前に１ターンの準備ターンを得ます。
準備ターンにおいて、ボスは、ＰＣに影響を与える行動はできません。
また、準備ターンのドローフェイズでは、カードを引くことができません。
また、ボスが１人でＰＣ側が２人以上であった場合、多人数戦のルール通り、ボスは、１回目のマリガンで手札を減らしません。さらに、先攻１ターン目のドローフェイズにもカードを引きます（準備ターンでは、先攻後攻関係なくドローフェイズはなし）。
戦闘パート－３ 試合開始
通常のルール通り、ＭｔＧの試合を開始します。
試合が終わるまでは、通常のＭｔＧ対戦と全く同じです。
戦闘パート－４ 戦闘パート終了
1つの試合の決着がついた時点で、戦闘パートは終了します。
「ありがとうございました」とアイサツをしましょう。
通常は、戦闘パートが終われば、シナリオ自体も終了です。
ＧＭは、戦闘パートの結果に応じて、ＰＣにシナリオの結末を説明します。
ＰＬが勝った場合は、ボスのＰＷが倒されて事件が解決。
ハッピーエンドです。
ＧＭが勝った場合は、ボスのＰＷが目的を達成します。
ＰＣたちは、からくも、プレインズウォークで逃亡したということになります。
一方、ＰＬは、シナリオを終えたＰＣがどう行動するかについて、短いロールプレイをします。
戦闘パートで勝利した場合は、祝杯をあげて、新たな次元へプレインズウォークするのかもしれません。
勝利できなかった場合は、逃亡した先の次元で、ボスへの雪辱を誓うことになるでしょう。
