現在のアイテム使用時の挙動と同じと思われるので発動自体は仕様でしょう
(スキルもアイテムと同様、発動時の座標を基に使用者が決定される)
修正方法を考えた場合、敵の初期ポップ位置に階段を含めないとか
主人公+仲間の初期座標をチェックして、そこに重ならないようにするとかしかない気がします
アイテムやスキルの使用時に座標を参照するというのはコアな仕様と思われるため
これをキャラ依存にするとかの改修は根本から見直さないといけないため難しいと思われます
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ご報告とご回答いただきありがとうございます。
ご回答のとおり、現在の実装的に仕様になります。
何か、行動順がまわってきたとき重なっているキャラがいたら
横に強制的に移動させるなど検討します!