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作中で原初をを刻むメル・ゼナは「深淵の悪魔を超える最大級の脅威」と明言されています。
したがって格下認定はネタではなく作中事実であり、好みではないといった問題ではありません。

セルバジーナの台詞については「王国が大ピンチと隊長が言っている（意訳）」という同時期のラパーチェの台詞から、王国にかつてない脅威が迫っていると彼が感じていることを示すものです。
よって王国との関係が薄いアマツマガツチ、風神雷神を絡めてそれより脅威と見ているとするのは文意を外していますね。
また、そもそも件の台詞はあくまでも「特命騎士として御伽噺の続きを調査している」段階の発言であり、本人も続けて「正確な情報が少ない」と述べています。
つまり「断片的な情報から、王国にかつてない脅威が訪れることを予感している」というニュアンスに過ぎません。
評価について語るならば原初を刻むメル・ゼナに関する御伽噺が正式に確認された後、つまり原初メル・ゼナのイベント開始後の台詞に限定すべきでしょう。

一方のガイアデルムが明確にメル・ゼナよりも下とされたのは、特命騎士が正式に発見した御伽話の内容が「悪魔を凌ぐ鬼神の出現」「悪魔の後に鬼神が控えていた」ことを示すものと解釈されたためです。つまり、御伽噺と無関係である他のモンスターとは全く状況が異なります。
御伽噺を事実と仮定したことで「鬼神」>「悪魔」という推定がなされたことはバハリやガレアスだけでなくフィオレーネや王国騎士からも強調されており、異論の余地はないでしょう。

「深淵の悪魔を超える脅威」という表現がプレイヤーに驚きを持って迎えられた所以は、本来メル・ゼナとガイアデルムは過去に引き分けたはずという認識があったためです。
同作の他の超大型古龍と違って「大型古龍を相手に縄張り争いで引き分けた」という事実だけでも驚きであるにも関わらず、ここにきてそれよりも格下と認定されるのか、という状況下での話であって、インパクトの度合いからすれば強調に違和感はありません。

「不名誉なのか」という点ですが、ここでの議題が「ガイアデルムの沽券に関わる表現を控えたい」という点を出発点としていることを考えれば、まあ御伽噺の解釈でメル・ゼナよりも脅威度は下と「誤解された」点については不名誉と表現できなくはないだろうと思います。
メル・ゼナにとって些か失礼ではないかとは思いますが。