追記 木主より
今ちょっとネットで調べたんですが、英辞郎ってサイト(?)で
Exceptional Child Education Resources
特殊教育・身障児教育文献情報データベース◆【略】ECER
という、exceptional を上で挙げた通りの使い方の例が出てきました。(ジーニアスには例までは載ってなかった)他にも
exceptional incompetence
普通では考えられない不手際さ
exceptional inflation
《経済》異常なインフレ(ーション)
exceptional idiot
《an ~》大ばか者
などの、exceptional の否定的用法が見つかりました。
悪い意味で「異常な」という意味があるとなると、どこかのひねくれ者が、精神的、身体的に問題があることを指す語として使う奴がいてもおかしく無さそうです。
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あくまで推測だけど、「特別な教育を必要とする精神的、身体的問題を抱えた」っていう意味は直接的なマイナスの単語(例えばdisability等)を使わずに、逆に通常使われる「ある意味特別な能力がある」と捉えられてるからexceptionalで表現されてると思うんだよね。欧米とか英語ではかなりこういう婉曲的な表現が多いから別にマイナスな意味で使われてないんじゃないかな。だからこそ正式な文献とかだとよく使われる結果になってる