リクエスト広場

サイト全体を一括で変える方法は二つあります。
どちらも管理者権限が必要ですが。

一つは管理メニューのコントロール→デザイン
サイト全体のフォント設定を"デフォルト"→"等幅"に変更。
まずはこれで切り替えてみて文章を含めた全体の表示を確認してみるのがよいのではないでしょうか。
ただ、テキストエディターで表示してるような見た目になり、文章は見にくいかもしれません。

もう一つは置換機能で置換する手があります。
文字列置き換え
ただし使えるケースは限定的で、例えば表などで|○| → |&font(monospace){○};|とか決まった表現のときです。

もしサイト全体の単独の"○"を全部置換しようとすると、ページが多いときに変換中にタイムアウトで中断する可能性があります。中断されるまでの変換は行われるのですが、もう一度実行して変換不足を行おうとすると"&font(monospace){○}"で変換済みのところが、"&font(monospace){"&font(monospace){○}"}"みたいに二重に変換されます。この機能は正規表現に対応してないのでこういった対応が面倒です。

さらなるご提案ありがとうございます。

1つ目ですが、サイト全体のフォント設定を"デフォルト"→"等幅"に変更してみました。モバイル閲覧時は文字の見やすさに全く影響がなく、特定文字の○や□も通常文字と同じ大きさで大変良かったです。ご指摘どおり、PC閲覧時の文字が見にくくなっており、あえなく却下となりました。PC閲覧時でもモバイル閲覧時と同様の影響であれば、採用していました。

2つ目ですが、膨大なページ数のため、お伝えいただいたとおり変換中にタイムアウトで中断する可能性が大いにありました。有志者によって「◯」を使用するページも所々ありましたので、文字列置き換え機能を使って「○」→「◯」に変換しました。案の定、タイムアウトしましたが、すべて置き換えることに成功しました。
しかし、「□」などは機種依存文字「⬜」（正確には代替になっていない）になってしまい、閲覧環境によって、文字化けするので置き換えできませんでした。当Wikiは日本語サイトですがAnalyticsにより、毎月70か国以上から多種多様のブラウザ・利用OSでアクセスが有ることを確認しているためです。
そこで、「□」→「&size(20){□};」で文字の大きさを変更して、無理やり問題を解決することといたしました。その他文字の小さい文字についても同様です。

運営へのお願い
根本的な解決に至っていませんが、どのWIKIでも使用頻度が多いと思われる通常表示が小さくなる特定文字「○」「●」「×」などは編集時に予め、通常文字と同じ大きさにサイズ変更される仕組みがあると良いのではないでしょうか。
>> 5のように欧文フォントを削って、新たなfont-familyを新設されることにも期待したいです。

文字置き換えの最終チェックをしていたところ、
最初の一文字目に空白がある場合、&size(20){●};となってしまいました。

(空白)口口口
(空白)口●口
(空白)口口口
↓文字置き換え後、
(空白)口口口
(空白)口&size(20){●};口
(空白)口口口

当Wikiのような攻略サイトで最初の一文字目に「空白」を利用しているページが有る場合に&font(monospace)や&sizeを使ったフォントサイズ変更には要注意ですね。

最初の一文字目に「空白」を使用した場合であれば、「○」「●」「□」「■」は通常文字と同程度の大きさになるので、改善してほしいです。