WIKIWIKIユーザー助け合い掲示板

用語集（日本語）= Glossary (English)です。
（Glossaryを辞書で引いてみてください）

wikiwikiで使用されているtooltipプラグインから機能が省かれているということはありません。
ご指摘の「pukiwikiのtooltip.inc.php」の1・2・3はプラグインが参照する順番の話で、
wikiwikiでもそれは全く同じ筈です。

1. definitionが有れば使用。
2. definitionが無い場合にはGlossaryの内容が参照される。
3. definitionもGlossaryにもなくて、かつ実在するページの名前だった場合は、そのページの最初の見出しを使用。

tooltipプラグインには機能が3つあり、
上記1・2・3はその優先順位を説明したものです。
つまりGlossaryに特定ワードに対するツールチップ表示コメントを登録していた場合、
1の方法で個別に設定（ツールチップ表示コメントの変更）は可能ですが、
3のページ指定は機能しないということですね。

現状はソースの参照ページが「Glossasry」になっているってことですね

function plugin_tooltip_init()

{

		$messages = array(

		'_tooltip_messages' => array(

			'page_glossary' => '用語集',

			'defaults' => array(

				'glossary'=> '用語集',

			),

		),

	);

	set_plugin_messages($messages);

}

ただ、その「Glossary」に入れたのは全頁の全単語にもれなくツールチップが付くようにwikiwikiが機能追加していると…ページを分けて作れば良いのに
回避策としては「Glossary」に入れずに、definitionを個別で書くようにする。後々の修正とか考えると頭の痛い話ですね