ポケモンスリープ攻略・検証Wiki

メガニウムはラピス攻略の際にいればいるだけ良いので、1体目も2体目も育てて良いと思います。育てる優先順位ですが、実は同じ性能のポケモンを2体育てる際に、片方だけLv50まで育て切るのと2体並行して育てるのでは育成中のエナジーはそれほど大きく変わりません。なのでお好きな育て方で問題ないと思います。2体目が大差をつけて優秀な場合であれば2体目を優先するべきですが、今回は2体目が同レベル帯では少し上というぐらいでほとんどそこまで性能に差は無いです。ただ2体目がLv50になったタイミングからエナジーが1体目を大きく引き離すので、ポテンシャルは2体目の方があると言えます。
個人的には、1体目の育成を進めながら2体目も少しずつ育てつつ、チコリータの厳選を続けるといった形をおすすめします。自分もメガニウム2体目育成してましたが、より強い3体目・4体目と来て育成リソースがちょっともったいなく感じたことがありました。現在は完成メガニウム3体でラピスをしっかり攻略できるようになってます。

どちらの子も大変優秀だと思います。

すなおなチコリータはおてスピSMが揃っていて強力なため、2体目としていずれ育成されることをおすすめしたいです。

ただし、アメに余裕がないということなので、同時並行での育成を急ぐことはないかな、と個人的には考えました。

たとえばチコリータのLv25ではおてスピSを解放できますが、この時点ではちこもちさんのせいかく補正に及びません。
さらにちこもちさんはLv40まで育ててこられたために、きのみの基礎エナジーが大幅に成長していて、以降のレベル帯でののびしろも相対的に大きいため、しばらくそのまま育ててあげることの利点が大きいです。

以上をふまえ、アメに余裕ができるまではちこもちさんをこのまま優先して育て、余裕が出てきたらチコリータのLv25、30、進化等の段階をめざして並行して育成していくことをおすすめしたいかなと私は考えました。

なお差別化点として、将来のLv60での食材構成、ちこもちさんは所持数による食材補助とスキル発動があげられると思います。
どちらも長く活躍できる子たちだと思うので、ぜひ大切に育ててあげてくださいね。

お二方、分かりやすく丁寧なご回答ありがとうございます。
思い入れのある子なので長く活躍できるとの言葉、非常に嬉しいです。
一体目の子を優先的に育てながら2体目の子もゆるやかに育てていき、ラピスで2体とも頑張ってもらいます。