もう選んじゃった後かもしれませんが、自分だったら明石のほうを推しますね。明石の修理は第1艦隊だけしかできないという制限も無く、イベント時なんかは2隻・3隻同時に使うことも多いので、その分の明石と艦艇修理施設を確保しておくということはおススメです。(もちろん朝日用や秋津洲用にも使えますし。)
また、明石と明石改で限定グラフィック含めてグラ違いが結構あるので、両方見たいのであれば無改造で持っておくというのも悪くないです。(今のところ平戸については無改造と改でのグラフィックに違いは無いです。)
とはいえ長くやっていれば、明石もそのうち数は揃うでしょうから、もう選んでしまった後であれば、さほど気にせずで大丈夫じゃないかと思います。
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