改修補正は√★で計算される装備、★×(係数)で計算される装備、ルート処理された後に係数がかかる装備等複数ありますが、すべてに共通して小数点以下も計算されます。なのでまず誤解を解きますが、「艦船関係については★1・4・9でメインの数値(火力とか)が上がり」→それら以外でも上がります。「航空機に関しては(中略)★5・10以外は上がりません」→同じく他の改修段階でも上がります。
具体例の一つを挙げると、熟練度>>(内部熟練度100)の零戦53型(岩本隊)を搭載数18機のスロットに搭載する場合、★+0での制空値は76、★+4での制空値は79、★+5での制空値は80、★+9での制空値は83、★maxでの制空値は84です。非常に細かい仕様の話になりますが、同じ熟練度>>でも内部熟練度が最大(120)の場合は、★+9と★maxで84となり、★+9からmaxに上げても制空値が変わらなくなります。これは改修込み対空値に搭載数の平方根をかけ、熟練度補正を足した後に小数点以下切り捨て処理がされていることに起因します。
薄字で書いた細かい仕様については覚えなくていい(見た目整数値の繰り上がりにこだわることにはそこまで意味はない、と例示したかっただけ)のですが、改修による変化が小数点以下だけの差異であっても、それは無意味ではありませんというのが伝えたい回答になります。後半改修ほど消費アイテム・装備は用意が大変になる傾向があるため、上げやすい所まで一旦上げておき、それ以降は余裕ができてから、というのも有効な艦隊運営です。
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木主ではないのですが、横から失礼します。そもそも内部熟練度120は「普通にプレイをしていたら知る術がない」と思うのですが。シュミレータを作っている人や、外国人らはどうやってそれを知ったのでしょうか?クロム起動→デベロッパツールの順で開くと訳の分からないプログラム言語と思われる英数字の羅列が表示されますので、それの中のどれか?の数値が120とかになっているのを突き止めて内部熟練度が100以上になる事を知った!…とかなのですか?