1年ほど前、独自にecacheの挙動に関して調べていた者です。
大前提としてincludeに限らず、他のページや情報を参照する(≒表示される内容が変化する)書式に対してecacheを使用した場合、意図しない挙動になる可能性があります。
例えば「reset=new」は、使用しているページの内容が更新(編集)されないとecacheの更新を行いません。
そのため「reset=new」の指定範囲内にincludeが含まれている場合、そのページを更新しない限りincludeの表示内容は更新されません。
また、ecacheの製作者さんがプラグインのページで答えていますが、「reset=秒数」は「更新する頻度」ではなく「更新の確認をする頻度」です。
強制リセットではなく、内容が更新されていた場合にのみecacheを更新するようです。
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一部の書式はecacheを無視?するようです。
例えば「#twitter_timeline」の場合は「5分に1度更新または新しいツイートは即更新」といった挙動で固定されます。
そのためこれ以外でも独自の挙動をとり、ecacheのオプションが適用されない書式がある可能性があります。
以前その他も個別に調べようかと思いましたが、作業が大変なので断念しました。
これらが問題になる場合は、それ以外にのみecacheを適用するなどすれば問題を解決できるかもしれません。
→1つのページ内で複数のecacheを使用できます。
例:
#ecache(reset=new){{
内容
}}
#include
#ecache(reset=new){{
内容
}}
AutoAliasNameを含む「リンク化⇔非リンク化」も更新されなくなるので、「reset=new」で問題が起こらないほうが稀かもしれません。
蛇足ですが製作者さんのページ「http://pukiwiki.sonots.com 」にアクセスできないのが気になります(一部インターネットアーカイブ有)。