そうみたいですね…。お役に立てずすみません。
こちらでも試してみましたが、Firefox 52.9.0esrでは
ref、recent、counter、region、foldなど様々なプラグインが動作しないことを確認しました。
(先に確認しておけばよかったです。ゴメンナサイ)
運営からのアナウンスはありませんが、ごく最近のwikiwiki内部アップデートに伴うものと推測され、
不具合ではなく仕様変更のようです。
(Chrome、Firefoxどちらも最新版で上記の問題は発生しません)
本当は、こういうのは運営からアナウンスが欲しいですよね。
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