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すいません間違えました
正しくは「また繰り返し研究を何度積んでも、あげられるのは艦載機そのものの攻撃速度で、艦載機そのものの補充速度はあげられないはず」です。

発艦速度も上がらないのですが、重要なのは補充速度の方です。
この補充は発艦と同様にコンポーネントごとに行われているようで、この補充速度が繰り返し研究ではおそらく上げられないがために、Hスロットの数で大きく劣る場合、相手がフラゲーラやスウォーム攻撃機のような敵機迎撃を全く行わない艦載機で装備を固めていない限り、機体数で圧倒されてほぼ確実に打ち負けます。

先ほどの例に出した敵艦隊は、艦隊規模にしておよそ数倍から10倍、艦隊が擁する艦載機の数でも概ね同じ程度の差がありました。

これほどの敵でもこちら側は、繰り返し研究で武器の発射速度を高めれば、勝つことが出来ますが、艦載機は例外です。

いくら繰り返し研究をしてもこちらの発展型攻撃機は一向にダメージを与える気配がなく、逆に敵機の迎撃が非常に苦手な古代穿孔ドローンに全機撃墜されたあげく、艦隊への攻撃を許していました。

寸評の所にかいたけど、補充速度っていう言葉だと誤解されやすいが、迎撃されると新たに発艦するわけではありません。
まず第一に機数分（基本8機）を補充速度である2日に1機のペースで発艦させた後、機数が無くなったら10日に1機のペースで発艦します。これは迎撃されようがされまいが関係ありません。
そして繰り返し研究しても数的優位の相手に勝てないのはそもそも艦載機が近づけてないからです。

艦載機は射程が10しかないため至近まで接近しないと攻撃できませんが、いくら攻撃力や攻撃速度を上げたところで、接近する前に迎撃されるのは一切防げません。ですからいくら相手攻撃速度を上げても相手の対空砲に対しては無力です。

艦載機同士の戦いだと攻撃速度を上げることで相手の艦載機を早く落とせるようにはなるのですが、艦載機は全て射程が同じなので、お互いに一発目は受けます。交戦距離に入ってお互いに一発目を打ちますが、この時はクールダウンは関係ありませんよね？大体古代ドローンから7回攻撃受ければ発展型は落ちますから繰り返し研究を重ねて古代ドローンが2発目を打つ前に毎回おとせたとしてもkillraionは7以上にはあがりません。実際には相手の古代ドローン複数体の射程に同時に入ることもあるでしょうからkillratioはずっとおちるでしょう

つまり空母は数揃えてなんぼって事です。ちなみにくどいですが、現状、最強の空母は宇宙生物のコルベット級です。一般的なサイズ8の戦艦が発艦させる艦載機は最大でも15日目までに24機、25日目までに27機です。対して生物空母コルベットはサイズ1ながら1日目に6機、11日目、21目にさらに6機発艦します。
仮に25日目まででみても戦艦が27機を発艦させる一方、生物コルベットはサイズあたり18機を発艦させ戦艦と同容量の8隻あれば144機を発艦させます。一般的な空母の5倍強です。
もちろん、こういった生物空母コルベットは回避は高くとも耐久は低いですからアウトレンジから前哨をつけた巡洋艦の高追尾のワールウィンドミサイルで叩く手はある（はず）。また空母戦艦には他の武装もありますが生物空母コルベには艦載機以外の武装は実質存在しませんから最強とは言えないし、繰り返し研究と相性が悪いという前述の欠点はそのままですがかなり強いと思います。

補足、だからあの補充速度って表現は誤解しやすいですね。
あの補充速度ってのは発艦速度です。
初期の機数を発艦させ切った後の追加の10日に1機の発艦の頻度を高める方法や10日に1機であるってのはどこにも書いてないですね。

敵に当たりもしなかった攻撃が繰り返し研究の効果で当たる（届く）ことは基本無いはずだし、届いてた分のダメージは倍率で増えるはずだから、別に艦載機が繰り返し研究と相性悪いことも無いような気が…？ミサイルなら連射レートが上がれば迎撃を突破できるようになるかもしれないけど、そちらの方が特殊の気が。敵に近付く前に全部撃沈されてるフリゲートの魚雷の攻撃力上げても意味ないよ、っていうのと同じですよね。仕様を理解できてるか自信は無いですが。

そもそも艦載機の耐久力、同クラスの艦載機同士で必中かつ２射以内に撃墜ですからね
船体値強化できませんから強化してっても劣勢側が勝てる要素は皆無

敵が数倍って時点で相手はCPUだと思う。
その上で、こっちの主力が戦艦や巡洋艦なら攻撃力が十分高ければ相手が近づく前に殲滅出来るから相手の中射程以下の武器は無視できる。
更に、戦艦同士の場合、お互いに数十発当てて落ちることになるから一発もらっても2発目受ける前に落とせばダメージは十分軽減出来る。
また大軍であっても一気に接近出来ないから、少数精鋭側は、射程内に入った敵を片端から落とせば各個撃破出来る