気になってたので検証しました!お菓子の新規作成直後は「お菓子本体の価格」(棚の魅力値ボーナスを含まない価格)が「お菓子本体の価格」から「棚の魅力値ボーナス」を引いた値になっている様です。実際の販売価格はこれに「棚の魅力値ボーナス」が足されるので、魅力値ボーナスを含まない「お菓子本体の価格」が実際の販売時の価格となっています。
棚や周囲の飾りの配置を変更するなど、棚の魅力値が変更される操作を行うと、画面上の表示と実際の販売時の価格が「お菓子本体の価格」に「棚の魅力値ボーナス」を加えた正しい状態になります。これは配置換えモードのまま、どこかに移動してすぐに戻すだけで反映されるみたいです。なので新商品を作成するたびに配置換えをするとお得(というか、損しない)だと思います。
さらに、周回が進んで像を多数配置したりして「お菓子本体の価格」よりも「棚の魅力値ボーナス」の方が大きくなると、新規作成時の「お菓子本体の価格」はマイナスにはならずにゼロと表示されます(お菓子の「棚」の画面では)なので表示上は「0円+(棚の魅力値ボーナス)円」となっていますが、実際の販売時の価格は「棚の魅力値ボーナス」よりも低い「お菓子本体の価格」のままです。この現象のせいで像を沢山建てた周回プレイで気がついたのですが、実際には1周目から発生していた現象みたいです。
いずれのケースでも https://wikiwiki.jp/kairoparknew/dorayaki/01#e32bbaf9 に書かれた様な「一転全く売れなくなってしまう」という現象は確認できませんでした。ただし棚の周りを像で囲んで棚にたどり着けなくすると商品は売れない状態になるみたいです(像は道として判定されるらしく、囲んでも「道がない」とは表示されないのでわかりにくいですが)