Unityを使ったことがないので比較はできないですが、
GameMakerはGML(Game Maker Language)という独自の言語でプログラミングします(コードを書かないモードで作ることもできますが)。
GMLは型とかクラスとかアクセス修飾子などのプログラミングの難しいあれこれが簡略化されてる分、入門者でも簡単に取っつきやすいと言われています。だれでもすぐにゲームを作り始めることができます。
裏を返すとそれらが使えないのでゲームが複雑かつ大規模になるほど作るのが難しくなる可能性があるのかなと思います。
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