19世紀に入ると北アメリカにおける人口は急増し、電報などの通信手段が発達すると効率的に狩猟が可能となり[5]、食肉や飼料、また羽根布団の材料になる羽毛の採取を目的とした無制限な乱獲が行われるようになった結果、わずか数十年ほどでリョコウバトの数は激減していった[3][4]。保護すべきとの声もあったが、それでもまだ莫大な数がおり検討されなかった。その間にもリョコウバトの数は減り続け、密猟が絶えなかった[1]。ヒナまで乱獲される事態まで起こった。
1890年代に入るとその姿はほとんど見られなくなり、ようやく保護も試みられたが、すでに手遅れであった。
リョコウバトはそのかつての個体数とは裏腹に繁殖力の弱い鳥類であり、小さな集団では繁殖できず、繁殖期は年に1度で、しかも1回の産卵数は1個だけであった[6][7]。そのため、現在ほど養殖の技術が発達していない当時では、いったん大きく減った個体数を回復することは困難であった。また、19世紀以降、リョコウバトの本来の生息地であった森林の開発で減少に拍車をかけることとなった[1][3][4]。
1906年にハンターに撃ち落とされたものを最後に、野生の個種は姿を消す[注釈 1]。1908年に7羽、1910年8月にはオハイオ州のシンシナティ動物園で飼育されていた雌のマーサ(ジョージ・ワシントンの妻マーサから名をとった)のみとなる[1][3][4]。マーサは動物園で生まれ、檻の中で一生を過ごした。1914年9月1日午後1時、マーサは老衰のため死亡し、リョコウバトは絶滅した[1]。マーサの標本は現在スミソニアン博物館に収蔵されている。
これらの標本からDNAを抽出して、リョコウバトを復活させようという動きがある[5]。
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