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状況が分からないので序盤の通常帝国向けの単純な答えだけ言うと、区域に頼らず一時資源を産む方法として、エネルギーは建造物の商業地区等から交易価値として、食料は星系基地の水耕栽培区画（足りなければ惑星上の水耕農場）から取れます。鉱物は割と買って補えるのと、商業の伝統をとって交易政策を変更すれば交易価値が消費財になるので結果的に鉱物が節約できます。星系基地の水耕栽培はPOPも要らないので普段から推奨で、他は建造物スロットが要るのでデメリットもありますが。
区域の方を増やす方法としてアセンションパーク"自然への精通"という手もあります。
隣の国と戦争して勝てそうなら、奪うのが一番単純な解決策です。

エネルギーはほんといくらでも要るから、各入植地3区域とかでも回収お進め。この場合開発構想は本来の目的の為に
送電グリッドはあってもいいけど(なくてもいいけど)エキゾチックガスのアップデートは無視
残り二種は上の人のとおり
採掘ステーションも纏めると鉱石の100や200は回収してくれるよ

交易価値は居住性に影響しないので死の星とかでも商業施設たてまくるのもあり
軌道上居住地とかも居住性低いから交易向け
(逆に「職業からの資源」の最大化ができないくらいだし、交易価値には影響ないけれど)
商業伝統取っているとトレーダーが快適度2だしてくれるからpop維持費2倍の快適度も自炊できますよ