ポケモンスリープ攻略・検証Wiki

まずゴースに関してですが、元々の食材確率が食材タイプの中でも低い部類に入ります。これはゲンガーのお手スピがトップクラスの性能であることに対する調整だと思われますが、そのスピードにより所持数あふれも結構起きます。お手スピ上昇は本来全てのステータスアップと考えていいのですが(スキル発動確率や食材取得確率の上昇にも貢献)、ゲンガーに関して言うと速くなりすぎて、食材取得の機会損失が発生してしまうこともあります。
食材タイプのポケモンは基本的に食材を持ってくることが役割として求められるので、取得食材数を増やすことを目指すとすると、ゲンガーに必要なサブスキルは食材確率アップがマスト。次に所持数増加が欲しいと考えます。おてボはあって損なし、お手スピはその一段下といった感じですね。ちなみにゲンガーやお手スピのとても速い食材タイプ以外だと、所持数とお手スピの必須度は逆転するイメージです。
そして今回のゴースですが、おっしゃる通り100レベルまで育てるとかなり理想的なサブスキルではありますが、現状のポケモンスリープでは50レベルも中々到達が難しく、60レベルも課金勢がほとんど。それ以上に至っては当然未解禁かつ育て上げるコストもとんでもないでしょう。つまり現実的ではありません。
食材の並びはキノコ役としてしっかりとABBなので、サブスキルの並びが逆転していたら自信を持ってオススメしていました。
ゴースのFLがいくつか分かりませんが、10まではとりあえず厳選をオススメします(ちなみに自分はABBを60手前まで育てていますがAAXの良い個体が欲しくてFL20超えまで来てしまいました)。
また、ウパーの性能はゴースよりめちゃくちゃ強いという訳ではなく、色々と違いはありますが、大雑把に言うとどっこいどっこいなので並行して捕まえていくことをオススメします。