ポケモンスリープ攻略・検証Wiki

後者のスキル確率SをMにしても、単なるスキル確率なら前者の方が高いですよ
前者：スキル確率S=1.18・性格1.2倍 = 1.42倍
　　　※更にlv50のおてつだいスピードSで1.523倍になる
後者：スキル確率M=1.36倍
詳しくは、このwikiの「厳選」のページ（リンクの貼り方わかんないけど）の中ほどに、性格やサブスキルによるスキル発動確率の倍率が書いてます。

所持数を上げたいにしても、後者にあげるつもりのサブスキルの種で
前者の所持数Sを強化しちゃえばいいと思いますね。

前者一択です。

というのも、スキル確率補正は「率Ｍのみ」より「せいかく＋率Ｓ」の方が高いからです。
スイクンの場合は所持数Ｌも有効に働きますが、銀種を使えるなら前者の所持数Ｓに銀種を使えば所持数溢れまでの時間もほとんど変わらないくらいになります。
Lv25時点でも前者の方が期待値は高いですし、もしLv50でおてスピＳ（Ｍ）が開放できればさらに水を開けることになりますので、ぜひ前者を育成してあげてください。

ご回答ありがとうございました。一匹目の子を育てる決心が付きました。
長い時間かかりますが大事にしていこうと思います。