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1についてですが、これは、YList由来のものだと思います。自分もそれに倣って「種名(広義)」（カッコは半角）で名前を付けるようにしています。
他の分類群の事情はわかりません。個人的には、同定を入力するときに(広義)表記があると区別しやすいので便利だと思っていますが、鳥類など他の分類群ではどうなのでしょうか…
なお、私も植物の和名で図鑑によって名称に違いがある場合は、「維管束植物和名チェックリスト」を最終的な根拠にしています。

2について。sableさんが>> 26で提案されている処理が良さそうです（この機能の使い方として正しいかわかりませんが）。「シジュウカラ旧名」で試したところ、仰るとおりの動作をしました。念のため元に戻してありますが、genjitsuさんからも試せると思いますのでご確認ください。