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1について。植物以外では広義や狭義を見たことが無いのですが、他の分類群でも使われているものなのでしょうか？

2について。現在使われていない名称であることが明確にわかるようにした方がいいかもしれません。名称を追加するときに表示される「学名の場合、現在認められているものでしょうか？」を「偽」にすると名称の上に横棒が引かれて現在使われていない名称であることが明確にわかるようになります。学名ではないのでこの使い方が良いのかがちょっとよくわかりません、、

植物の和名の異名はJBIFの「維管束植物和名チェックリスト」が参考になります。異名がある場合の規定名称はこれに従うのが良いかもしれません。

1についてですが、これは、YList由来のものだと思います。自分もそれに倣って「種名(広義)」（カッコは半角）で名前を付けるようにしています。
他の分類群の事情はわかりません。個人的には、同定を入力するときに(広義)表記があると区別しやすいので便利だと思っていますが、鳥類など他の分類群ではどうなのでしょうか…
なお、私も植物の和名で図鑑によって名称に違いがある場合は、「維管束植物和名チェックリスト」を最終的な根拠にしています。

2について。sableさんが>> 26で提案されている処理が良さそうです（この機能の使い方として正しいかわかりませんが）。「シジュウカラ旧名」で試したところ、仰るとおりの動作をしました。念のため元に戻してありますが、genjitsuさんからも試せると思いますのでご確認ください。

鳥類の和名に関して、日本から記録があるものは「日本鳥類目録 改訂第7版」を参考にするのが良いと思いますが、こちらでは広義や狭義とは書かれておらず、種名と亜種名が同じ和名であることも少なくないようです。「IOC World Bird List」と若干の分類体系の違いがあるようなので、その点注意する必要がありそうです。特に他の場所でも広義のような記述を見た覚えはありませんが、それは私の知識不足によるものなのかもしれず、わかりません。