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スレ立てありがとうございます。

1.昆虫の名称の付け方について
最近は「種名＋〇〇（地名）亜種」が一般的になってきているのですね。承知しました。
今後は昆虫の日本名変更のフラグが立ったら、個々の名称をチェックした上で、
例えば先述のヤエヤマオオゴキブリであれば
・「オオゴキブリ 八重山列島亜種」（間は半角スペース）を既定名称にする
・分類上問題ない「ヤエヤマオオゴキブリ」も別名として残しておく
という方針でひとまずよいでしょうか。

2.漢字、ローマ字併記について
私もずっと気になっていたところで、別名として分けて登録するのに賛成です。
スズメを試しに「スズメ」と「雀」に分けてみたところ、予想通り検索で最上位にくるようになりました。気がついた種から別名に直していったほうがよさそうです。（かなりの種数ありそうですね…）

2の話題については他の動物、植物など多くの分類群が関わってくるので、ここで議論している旨、ジャーナルで呼びかけてみようと思いますがいかがでしょうか。