IMEを切り替えるとFullscreenにする前のサイズのボーダーレスウィンドウみたいになる現象ですよね。
これは共通の現象みたいですね。
自分のプロジェクトでも起こりますし、gamemaker製の市販のゲームでも起こりました。
再現する最小限のプロジェクト作ってバグ報告するのがよさそうです(ダメ元で)。
補足:
自分の環境はIDE v2.2.5.481 Runtime v2.2.5.378 / windows10 / google IME
市販のゲームはTouhou Luna Nights
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英語がわからなくてバグ報告がおっくうなんすよねぇ...
でもこれかなり致命的なので雰囲気で送ってみようと思いやす。