Stellaris日本語wiki

自分も手探りで最近のアプデで（追記：ナノマシン艦船の）自動生成しなくなったし正解じゃないんだけど
・連邦や銀河共同体で作れる艦隊は維持費掛からないから、それらの主導権を以て主戦力や盾にしてナノマシンスウォーマーを温存させる
・上を基本方針に最序盤は普通の帝国と同じプレイングでエネルギー通貨の収支を黒字になるよう、艦隊を合金で用意するよう進める。ナノマシンは邪魔ならその時は解体する。全体を通してナノマシンの収支が十分黒字になると判断したら通常の艦隊を全て解体して自国所属の艦船はほぼナノマシンスウォーマーのみにしてしまう
・外交・外交発言力などを武器にして極力ナノ～が減る場面を避けつつ、ナノ～の収入を増やし続ける
＝>ナノマシン資源そのものは軌道居住地であっても農業・鉱業（宇宙採掘港）でも労働者から生産されるから、例えナノマシン惑星でもなく有機生命体がいなくても食料・鉱物生産をする。ナノマシン惑星での食料生産は施設の水耕農業で可能。できれば有機生命体を国家運営に絡めて労働POPなどにして生産性に寄与してもらう

これでアプデ前は50～60惑星、20～くらいの基地数で2400年からの危機4連続はしのげた
自分が質問を勘違いしてなければ収集機（採掘ステーション）の維持費や数は他の国是文明の抱える問題と大差なくて、基地や艦隊の許容量やそれを超えた時の各々の艦隊維持費、収支や艦船の数が増えづらいことがしんどいはず
その集めたいのに増えづらい・壊れやすいものについては減りづらくするようにして対処してた