Ver上がってセーブデータ互換なくなったとのことですが、PREFABSやLoad sub objectも互換性ないんでしょうか?
Prefabsとかは "C:\Users\ユーザ名\Documents\From The Depths\Player Profiles\プレイヤー名\" 以下に.blueprintとして保存されてて、これの書式自体には変更はないみたいです。この.blueprintが指定していたブロックがFtD本体の側で削除/変更になって動かないというのは(公式艦含めて)あるみたいですね……。
.blueprintの書式に関してはフォーラム(英語)(https://forum.fromthedepthsgame.com/showthread.php?tid=35817)に書かれていて、"ItemDictionary":{localID:GUID}の部分のGUIDが自作MODのページ(https://wikiwiki.jp/ftdjp/自作MOD 基礎)で出てくるItemのIdentifierに対応しているって感じだと思います。なので、ここからは全く未確認の話ですが、古い.blueprintでもう存在しないGUIDが指定されてる場合は、対応する新しいGUIDに書き換えてやれば、ブロックを新しいバージョンに更新することができる可能性は無くはないと思います。
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Prefabsとかは "C:\Users\ユーザ名\Documents\From The Depths\Player Profiles\プレイヤー名\" 以下に.blueprintとして保存されてて、これの書式自体には変更はないみたいです。この.blueprintが指定していたブロックがFtD本体の側で削除/変更になって動かないというのは(公式艦含めて)あるみたいですね……。
.blueprintの書式に関してはフォーラム(英語)(https://forum.fromthedepthsgame.com/showthread.php?tid=35817)に書かれていて、"ItemDictionary":{localID:GUID}の部分のGUIDが自作MODのページ(https://wikiwiki.jp/ftdjp/自作MOD 基礎)で出てくるItemのIdentifierに対応しているって感じだと思います。なので、ここからは全く未確認の話ですが、古い.blueprintでもう存在しないGUIDが指定されてる場合は、対応する新しいGUIDに書き換えてやれば、ブロックを新しいバージョンに更新することができる可能性は無くはないと思います。