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サマニユキワリ（Primula farinosa subsp. modesta var. samanimontana）がおそらくそうですが、キュレーターが手動で入力すれば、システム上は登録可能のようです。
ただ、iNaturalistが想定している使い方ではない（？）のか、この変種に関してはフラグが立っていたりします。フォーラムで議論されているかどうかは不明です。
https://www.inaturalist.org/flags/490579

試しにイズコゴメグサをキュウシュウコゴメグサEuphrasia insignis iinumaeの下に追加しようとしたらエラーが出ました。
無理やりEuphrasia insignisの直下に置けば登録できると思われますが、やはり「亜種の変種」などは想定してないように感じます。