GameMaker 日本語掲示板

depthは単なる深度値でlayerはグループみたいな認識です。
layerにはインスタンスレイヤーやタイルレイヤー、アセットレイヤーなどいろんな種類のレイヤーが存在します。
layer関数を使えばそのlayerに属するオブジェクトやタイル、アセットに対して一括で操作を加えたりできます。
自分は１つのルームで複数のステージを用意しているのですがその際、ステージごとにインスタンスレイヤーを用意してそこに壁やギミックなどを配置しています。
レイヤーに分けることでルームエディターの作業中ステージごとの表示、非表示を切り替えたり、特定のステージを全部選択して移動させたり、また特定のステージの配置を誤って動かさないようにロックしたりしています。
PhotoshopやAspriteなどのグラフィックツールのレイヤーみたいな感じです。