GameMakerのIDEを使っている中で、プロジェクトが壊れてアセットブラウザにアセットが表示されなくなることはあります。
その場合はプロジェクトファイルを修復するか、作り直す(別名でエクスポートなどの方法があります)のを試す流れになります。
ですが、GameMakerを起動していない時に何らかの原因でファイル自体が壊れたり消えたりするのは、GameMakerが原因ではないHDDやSSDの故障によるデータ破損のケースだと思います。
ちなみに、私の場合はプロジェクト丸ごとを圧縮してクラウドにバックアップしています。
私が使ってるのはdropboxですが、dropboxの同期対象フォルダにプロジェクトを置いて作業すると問題が生じるとか読んだ記憶があるので、プロジェクトはクラウドの同期対象フォルダには置かず、かつ同期などは使わずに手動でバックアップしています。
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今回偶然か気づいていないだけなのかもしれないんですが、作っていたプロジェクトだけがピンポイントで破損していたので......分かりづらかったんですがやっぱりHDD,SSDの問題ですよね.......。そこまでスペックも悪いわけでもないのに強制終了ショートカットが効かないフリーズだったので、パソコン本体の電源を直接落としたんですが.......電源落としは良くないですね....。