本格派を求めるならMAYFLASHのARCADE STICK F300（またはF500） ELITEがおススメ。
リンク
特徴は何といってもレバー＆ボタンにゲーセン筐体と同じ三和電子パーツを採用している事。
逆にコスパで選ぶならホリのファイティングスティックmini for Windows PC「リンク」がおススメ。
ただ、ファイステminiはXinputにしか対応していなく、右下の二つのボタンに操作を割り当てられないため、XinputPlusというアプリを使ってDirectinputに対応させる必要がある。
XinputPlusはここから入手可能。⇒（リンク）
マッスルファイトwikiの「初めての方へ」のページにオススメなジョイスティックの欄を上記の文を参考に追加してほしいです。
特にどんなジョイスティックを使うのかは重要ではありません。
私はMADCATZ TE2+を使用しています。
古いプログラムなのでUSBジョイスティックをきちんとサポートしないという問題がありますよね。
1Pですがある瞬間2P固定に変わり、これを修正できない問題が生じます。
だからJOY TO KEYというプログラムを使います。
しかし、JOY TO KEYは実際にキーボードを使用するのとまったく同じなので、多くのキーを一度に押すと操作に問題が生じます。
これを解決できるプログラムがあるかどうか気になりますね。