優先的にあげるなら発掘エナジーと発掘鉱石です。
余裕があれば囮系の設備も30~50ぐらいまで上げておけばLv4桁のマップで役立ちます。
それ以外はあまりにも多岐に渡り、プレイスタイルや進行具合にもよるので「自身がよく使う設備」を強化していく形です。
技屋や港、空飛ぶ船、タウンホール、室内設備等々もあるので列挙しかねますし、そもそも資材が間に合わない可能性が高いです。
また、それぞれの設備にも良さげな強化Lvもありますが、こちらも個々の設備やプレイスタイルに寄ってしまうのでここでは回答しかねます。
より詳細な回答を希望される場合、詳細を記載の上Discordへお越しください。
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回答ありがとうございます
囮系の設備も育ててみます