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私も以前から絶滅危惧種の扱いが気になっていました。

絶滅危惧種の位置情報の扱いについては、環境省が運営する「いきものログ（https://ikilog.biodic.go.jp/）」の方針を参考にするのはどうでしょうか。
「環境省レッドリストや地方公共団体のレッドデータブック掲載種については、種の保護の観点から分布情報の表示を粗くして」いるとのことで（https://ikilog.biodic.go.jp/Faq/）、いきものログ内で検索してみると絶滅危惧IA類～準絶滅危惧・情報不足いずれも10km四方メッシュまでは表示されます。iNaturalistの「不明瞭」でもそれぐらいの範囲に散らすことができます。

個人的に、位置情報の非表示化には反対です。少ない生き物ほど分布地域が限られることが多いので、位置情報が非表示でも不明瞭でも（写ってしまった背景からの）撮影地の特定難易度はそれほど変わらないと思います。web検索でもある程度のことはわかりますし。
また、例えば「ヤンバルクイナ属」を検索したときに世界中のユーザーの地図から日本のヤンバルクイナの記録（表示）が消えてしまい、正確な分布がわからなくなってしまいます。
見た目がよく似た種がいる場合、撮影地域がわからないと同定が付けられないものも出てきて、貴重な観察記録が研究に活かされないかもしれません。同定作業のとき、私は場所「Japan」をデフォルトの設定にしていますが、非表示だとそこに出てこなくなり、全世界の観察記録の海に埋もれてしまうと思います。
非表示にするメリットよりもデメリットのほうが大きいのではないでしょうか。

いきものログでの取り扱いについてご教示ありがとうございます。絶滅危惧種の分布を見てみましたが（例えばドジョウ）、iNaturalistよりもメッシュが細かい印象です。
実際、「不明瞭」は約20km四方のメッシュとなっているので、いきものログと同様にIA類〜準絶滅危惧、情報不足までを不明瞭にするのは良い案だなと思いました。

非公開設定の是非については、自分も同じこと（場所で購読・検索しているユーザーの目に留まらなくなる）を以前考えていましたので、確かに仰るとおり、デメリットの方が大きいのではと考え直しました。
位置情報を20kmメッシュで不明瞭にしても問題があるような観察記録は、そもそもiNaturalistに限らず、webにアップすることの是非を投稿者自身が再考すべきですよね。。
IA類を非表示にした方が良いと思ったのは、バイオームで非表示設定が割としっかりしている印象があったので、同じくらい厳しくした方が良いのではと思ったからです。しかし、写真などから撮影地点が推測されるリスクをユーザーが自覚しておくのは大前提となるのでしょうし、やはり非公開にするメリットよりもデメリットのほうが大きいのだと思います。

以前設定したことがあります。参考までに。
https://www.inaturalist.org/observations/28567159

>harumkohさん
こちらについてもご教示ありがとうございます。
この件について、何人かの方に伺った意見をジャーナルにまとめてみました。
非常に難しい問題ですが、位置情報の公開について、補足が必要なことがあればコメントいただけますと幸いです。まずはレッドリストの情報を一括登録して、不明瞭するか否かは個々の種の事情で判断していくのがよいのではと考えています。その際に、間違って上書きしないように注意しないといけないですね。
https://www.inaturalist.org/journal/utchee/38308-