GameMaker 日本語掲示板

.yyの中身はjsonフォーマットの様に見えて、中身を見るとレイヤーごとにデータが存在しています。

当たり判定オブジェクトレイヤーと背景などのグラフィックレイヤーが分かれているのであれば、レイヤーごとのデータを取得することができるので、yyに対してインポートやエクスポートできるツールを作って、抜き出したデータのみをgitなどのバージョン管理ツールで管理します。

抜き出したデータは、好きなバージョンをとってきてから、インポートツールでyyに入れることで、やり直したり、当たり判定オブジェクト担当者が、背景のタイル担当者の変更を入れ込むなどの開発ができそうです。

開発用サブツールは、pythonとかrubyとかphpとかwindowsで動く適当な言語で、サブツールを作ると便利になると思います。