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『Pokémon HOME』でのテッカニンとヌケニンのバグですが、
恐らく『Pokémon HOME』側でポケモン毎に定められた性格値(PID)が一致している個体をコピーとして認識して削除しているものだと思います。
裏IDが一致している程度でコピー判定を受けないことは概ね予想はついていました。

問題なのは、PIDを含めどの範囲までのデータが一致していればコピーポケモンと判断されるのかが分からないところです。
考えられるものとしては、
・PIDのみ
・PID、性別値、親情報(親名、表ID、裏ID)、元々の個体値、出会った日付と場所
が別のポケモンと合致しているか否かというラインで判断していると推測できます。
後者に関しては、PID含めポケモンを入手した時点で変更できない固定内部データとして保管されるため、このように推測しました。

テッカニンとヌケニンという2体が1つのコピーポケモンとして判断される理由は次の通り3点考えられます。
・「ツチニン」の進化により生まれた同一個体であるため
・『Pokémon HOME』側が「テッカニン」「ヌケニン」を同一種族ポケモンと認識しているため
・PIDやその他固定内部データが一致していればコピーと判断しているため

そのため、『Pokémon HOME』側がコピーポケモンをどのように判断しているかは次の通りの方法で確認できるのではないでしょうか。

[準備]
・PID、性別値、元々の個体値が全て同一の第5世代以降で入手したポケモンの次の通りの8種類全24体
　⇒[ポケモンA、親1、出会い方イ]×10(基準)、[ポケモンA、親2、出会い方イ]×2、[ポケモンA、親1、出会い方ロ]×2、[ポケモンA、親2、出会い方ロ]×2
　　[ポケモンB、親1、出会い方イ]×2、[ポケモンB、親2、出会い方イ]×2、[ポケモンB、親1、出会い方ロ]×2、[ポケモンB、親2、出会い方ロ]×2
※第4世代以前のポケモンはポケシフター転送時に「出会った日付・レベル」が削除され、ポケシフターに転送した日付とレベルに上書きされるため検証には不向き。
※第5世代以降の乱数調整で同一PIDのポケモンを複数体用意できるのかどうかは不明。
　⇒用意できなければ、ポケシフターで転送する時点でのポケモンのレベルやDS本体の日付を操作して条件に当てはめることで代用可能か。
　　⇒同じPIDのポケモンを複数体集めるのは、本体のMACアドレス等に依存しない第3・4世代の乱数調整が最も容易。(『エメラルド』『ダイヤモンド・パール・プラチナ』『ハートゴールド・ソウルシルバー』が特に楽。『ファイアレッド・リーフグリーン』は困難を極める。)

[検証]
・用意した[ポケモンA、親1、出会い方イ]と[ポケモンA、親2、出会い方イ]の2体を『Pokémon HOME』に預ける。
・テッカニンやヌケニンの例のように、預けたポケモンのうちの1体以外の、ボックスのナンバリングが大きくボックス右下に近いポケモンが書き換えられ変化し、変化したポケモンが再ログイン後に消去された場合、消去されたポケモンとその内部データがコピーポケモンとして扱われていることが分かる。
・続けて、[ポケモンA、親1、出会い方イ]と[ポケモンA、親1、出会い方イ]、[ポケモンA、親1、出会い方イ]と[ポケモンA、親1、出会い方ロ]、[ポケモンA、親1、出会い方イ]と[ポケモンA、親2、出会い方ロ]……と1種類ずつ同様の操作で確認する。
・最後に、8種類の全ポケモン1体ずつを同時に転送した場合の『Pokémon HOME』側の処理も確認。

[ポケモンA、親1、出会い方イ]を基準として、
・他7種が全て削除された場合、PIDのみを参照してコピーと判断している
・[ポケモンA]関連のみが削除された場合、PIDのみを参照且つ「テッカニン」「ヌケニン」を同一ポケモンと処理した上でコピーと判断している
・[ポケモンB、親1、出会い方イ]のみが削除された場合、ポケモンの種族は関係なく、「PID、性別値、親情報(親名、表ID、裏ID)、元々の個体値、出会った日付と場所」が一致するとコピーと判断している
・他7種が全て削除されなかった場合、本件は「テッカニン」「ヌケニン」に限ってPIDが同一である場合にバグが発生しているものと概ね推測可能

勘の良い方ならばここまでの記述でお分かりになるかもしれませんが、
コピーポケモンを「PIDのみ」「PIDと他固定内部データ」のどちらで参照していても、
テッカニンと同じ内部データを持って入手できるヌケニンはコピーポケモンの判定を受け、どちらかが必然的に削除されるものと推察されます。
テッカニンとヌケニンにのみ特例としてコピーポケモン判定を無くすことで不具合は解消されると思われますが、それはツチニンのコピー個体を公式が許容するということになってしまいます。
したがって今回のバグを根本的に解決するには、コピーポケモンを削除するという『Pokémon HOME』の仕様機能を排除する他ないのではないでしょうか。
『ポケモンバンク』でこのようなバグがなかったのは、コピーポケモンを削除する仕様が存在しなかったためである可能性が非常に高いです。