Microsoft Access 掲示板

ACCESSだと、クロス集計クエリで集計した結果と、他のテーブルのレコードを
請求書レポートに並べることになりますが、かんたんに混ぜることはできますか？

前段階でクエリでデータを結合しておく、レポートにレポートを埋め込む仕組み（サブレポート）、VBAによる制御、等柔軟に対応する仕組みはあるので大抵のことはできますが、どの程度なら「かんたん」で済むのかは要件次第でしょう

集計結果に請求書番号を付与することはできないと思いますし
請求書作成時に、大本のレコードすべてに付与することもむずかしいでしょうか？

ルールさえしっかりしていればできないことはないと思います。
ただ、請求書番号が未決定のレコードについて、新規で番号を取ればいいのか、集計で統合される別なレコードですでに決定されていないか、それらで請求書番号に矛盾がないか等の問題と対策が発生します。請求書番号は集計結果ごとの管理にしたほうが楽でしょう。

また、ちょっと難しい言い方になりますが、「印刷時に自動で請求書番号を決定するシステム」は難しいです。
プレビューで請求書番号を仮発行するのか、キャンセルした場合どうするのか、上記問題と合わせてどのような表示順にするのか
そして、これらを実現するための複雑な処理等、様々なことに悩まされることになります。

集計結果を1つのレコードとして扱いたい場合は、一旦EXCELで入力、集計してインポートするのが
一般的でしょうか？

集計条件を記録するテーブルを用意してそこに条件を追加していけばいいです。集計結果自体は計算で求まるので記録する必要はないですし、そのテーブルに「請求書番号」フィールドを設ければ、集計結果の1レコードごとに「請求書番号」を管理することができます。

結局のところデータ構造自体はよくある「請求書」「請求明細」の構造と同じです。運用や作業性に合わせてどのようにシステムを組み込んでいくかという問題になると思います