flArray.Add .Cells(i, 1), .Cells(i, 2)
とすると、セルの値ではなく、キーとアイテムにセルオブジェクトがセットされてしまいます。
下記のようにValueを明示的に指定するようにしましょう。
flArray.Add .Cells(i, 1).Value, .Cells(i, 2).Value
ただし、.Cells(i, 1).Value に重複がないことが前提です。
重複があるとエラーになります。
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