includexで抽出してaeraeditの数が減った場合、編集対象がずれるのは仕方がないと思います。
ページ内順位2番のエリアがincludexにより抽出され1番目に位置するようになればリンクは1番として生成されて、実体のある元ページの2番にはたどり着かないような状況でしょう。aeraeditはソースに固有idみたいな記述をしないので順番でしか見分けができないでしょう。

なんとしてもareaeditでやるなら、includexで呼び出したページに以下のようにリンクを作れば対象エリアを編集できます。

[[エリア編集>https://wikiwiki.jp/splatoon3mix/?cmd=areaedit&areaedit_no=2&inline_plugin=0&page=サーモンラン%2F特殊な状況%2Fラッシュ]]

areaedit_no=番号に対象のareaを指定します。対象のaeaeditの編集リンクのURLを確認すれば上記と同様のものがわかります。
/は%2Fに置き換えます。
エンコードされた読めない文字列を気にしないのであれば単純にリンクのURLをコピペでもよいです。

includexで呼び出したとき間違ったareaeditのリンクを消すには以下のようにします。

#includex(サーモンラン/特殊な状況/ラッシュ,titlestr=off,section=(filter=ムニ・エール海洋発電所),firsthead=off,except=#areaedit)

例に挙げられたページを見ましたが、その使い方なら見出し内編集で同じことができます。

見出し内編集は見出しの横の鉛筆マークから行います。
見出し毎編集機能

includeで呼び出したページで対象の見出し内を編集のリンクを作るなら以下のように書きます。

[[見出し編集>https://wikiwiki.jp/splatoon3mix/?cmd=edit&page=サーモンラン%2F特殊な状況%2Fラッシュ&id=v5d06fff]]

これも鉛筆のリンクからわかります。id=文字列はソースの見出しの各アンカーを任意に書き換えられます。
またInterwikiを使えばもう少し簡略に記述できます。