wikiwikiにはREST APIが用意されています。
ざっくり言うと、自作したプログラムからwikiwikiの項目作成や更新などができる機能だと思っていただければと思います。
詳しくは以下参照
https://wikiwiki.jp/sample/REST API
https://zawazawa.jp/wikiwiki-rest-api/topic/1
wikiwiki converterと同じレベルの精度の変換でも構わないのであれば、プログラムを作成して移転を自動化することは可能です。
今のwikiwiki converterは完璧に変換できるとは限らないので、移行した後チェックしてあげる必要はあります。
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一旦それでばーっと自動でやって、あとから問題のある記事や記述を消すほうが実際楽なのかもしれないですね