https://hrur3zibi8wh5t.github.io/wikiwiki-converter/
に「この方法で完璧に変換できるとは限らない」と書いてますし、対象を特定しないのならば当たり前のことです。
具体的に「これとこれとこれが通じない」と書かないとスルーするしかないと思います。
(個人的には、開き括弧から閉じ括弧まで複数行あるものについても当たり前だと思います。ソースを詳しく調べていないので断言はできませんが…)
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