lcbwiki

全ての人格はスキル1を3枚、スキル2を2枚、スキル3を1枚持っている
スキル入れ替えは、選んだスキルのうち1枚を別のスキルに差し替える効果
スキル1を2に差し替えたなら、スキル1を2枚、スキル2を3枚、スキル3を1枚って内訳になる

その通りです。
例えば初期状態でスキル1をスキル3に変換した場合、
全てのスキルが2枚ずつのデッキになります。
S1×3 → S1×2
S2×2 → S2×2
S3×1 → S3×2

またこれらの変換は重複するため、
スキル1が0枚、スキル3が4枚なんてこともできます。(目的の人格が抽選される必要がありますが)

小技として前に出す人格以外を道中のボスなどで間引くことによって、
スキル交換の抽選に出やすくする手法があります。(前衛6人残せば1/6で並ぶ)

前提として、各人格はスキル1を3個、スキル2を2個、スキル3を1個所持していて、戦闘ではこの計6個のスキルを使います(詳しくはwiki内のゲームシステムをご覧下さい)。ショップのスキル変換では、スキル1、2のどちらかを選択してそのうちの1個を別のスキルに変換します(スキル1はスキル2、3に、スキル2はスキル3に変換出来ます)。例えばスキル1を選択してスキル3に変換するとスキル1のうち1個がスキル3に変換され、その人格はダンジョン攻略中スキル1を2個、スキル2を2個、スキル3を2個所持し戦闘に使うことになります(スキル1の総数-1、スキル3の総数+1)。長文失礼しました。間違ってるところなどあれば訂正よろしくお願いします。