正確には「アサシンはAPIでは勝率が低めになる」というより、①(アサシンに多い)高難易度ポケモンはキャラパワーが高くても勝率が低くなることがある、②アサシンは実際の勝率(≒キャラパワー)よりも強さを過大評価されやすいの2つが正しいと思います。
①は直感的に分かると思います。一応APIは上位プレイヤーを集計していますが、上位プレイヤーも下位プレイヤーとマッチングする都合上、扱いきれていない高難易度ポケモンを使った人が混ざった試合も集計されるはずです。
②は143~144さんの意見のような側面もありますし、単純に連続キルをとる姿が活躍してるように見えて過大評価されることもあります。アサシンがキル数を稼ぎやすいというのは、あくまでキャラコンセプトの話であって、ディフェンスがゴール守るの得意とかマークスマンがオブジェクト削るの早いとかと同じなのですが、キル数は活躍や強さと直結して考えられがちなのであたかもアサシンが活躍したかのように見られがちです。
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誘導みたいになりましたが147さんの回答が事実との乖離もなくて一番納得です。
単にアサシン(アーリー)は重要な終盤活躍しにくいから勝率は低くなる、だとじゃあ複数いる勝率高いキャラ(技構成)はなんなんだという反論の回答にはなってない。一方で印象論はそうした疑問も満足に回答できるので納得です。
これは俺もかなり納得がいく回答、質問者ではないがありがたい…