質問の意図としては司令部レベルが上がる前に先に進んだほうがいいかってことかね? 回答としては90台くらいまでは爆速で上がってちゃうから気にしてもしょうがないのと、司令部レベルの上昇に伴う強化で露骨に面倒くさくなるのは意外とレアケース(1-5道中とか2-2ボスとか6-4ボスとか3-5下とか)でだいたいは地味、2-4でいうならエリルがフラルになるぐらいで難易度は大して変わらないからじっくり準備してから行こうが無理して今抜けようとしようがそんなに変わらない。なので結論としては上げすぎて難易度が酷いことになるということは無いので、しっかり準備してから進んでも何も問題はない。ただ、準備するなら2-5(索敵)とか3-2(軽駆オンリー)とか先を見据えて進めておくといいぞとは言っておく。
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お返事遅れてすみません。おっしゃる通りでいろいろやってたら10日間で司令部95まで上がりました。気にしても仕方なかったんですね…。アドバイスありがとうございました。