原神wikiでも同様の現象が起きています。
wikiwikiがfaviconの設定を推奨しているので修正してほしいですし、外部的な要因でwikiwikiの問題でないのであればそのように公表して欲しいです。

iOS Safariで、特定のWikiのブックマークアイコンが
他のWikiのアイコンにも反映されてしまう問題についてご案内いたします。

この問題は、iOS Safariの仕様に関連している可能性があります。

（Safariのスタートページに表示されるアイコンは、独自のアルゴリズムで取得されるため、
正しくアイコンが反映されないことがあるようです）

現時点で具体的な解決策は確認されておりません。

Appleにフィードバックを送ることで、将来的な改善が期待できるかもしれません。

ご理解とご協力のほどよろしくお願いいたします。