注釈は相互リンクになっているため、
対称でないとリンク衝突が発生してしまいます。

非対称にしたいなら注釈ではなく、
アンカー（anameプラグイン）を使用すれば良いのではないでしょうか。
（勿論片道リンクになります）

【例】

犬も歩けば棒に当たる [[※1>#EDOKEI]]

一寸先は闇 [[※2>#KYOKEI]]

石の上にも三年 [[※2>#KYOKEI]]

井の中の蛙 [[※4>#SONOTA]]

論より証拠 [[※1>#EDOKEI]]

六十の手習い [[※4>#SONOTA]]

花より団子 [[※1>#EDOKEI]] [[※3>#OHSAKA]]

針の穴から天井覘く [[※2>#KYOKEI]]

（以下ページ最下部に）
 #br

&aname(EDOKEI){※1}; 江戸系
&aname(KYOKEI){※2}; 京系
&aname(OHSAKA){※3}; 大阪系
&aname(SONOTA){※4}; その他

回答ありがとうございます。理想的な形にまとめることができました。